L’église de Saint-Chély d’Apcher trouve ses origines dans une petite chapelle érigée au cœur du XVIe siècle au même emplacement. L’église actuelle conserve les deux tiers de cet édifice. C’est en 1690 que la paroisse fut transférée de la chapelle du cimetière à celle de l’enceinte de la ville.