Installé au cœur de la citadelle, dans un ancien entrepôt de tabacs, le musée est un beau bâtiment, édifié à fleur de bassin vers 1850, une des rares constructions historiques épargnées par la Seconde Guerre mondiale. La visite du Musée à quai met en scène l'histoire millénaire de Dunkerque, un port stratégique en mer du Nord, tour à tour place-forte espagnole, citadelle imprenable sous Louis XIV, cité de corsaires ou encore théâtre de l'opération Dynamo. Le musée à flot est composé du trois-mâts la Duchesse Anne, du bateau-feu le Sandettie et d'une péniche la Guilde. La visite des trois bateaux amarrés face au musée portuaire complète les expositions temporaires, les collections du musée à quai et plonge les visiteurs dans la vie des marins et des bateliers. De nombreuses activités pédagogiques et culturelles à destination des publics scolaires comme du grand public sont proposées.